由于灵活就业的方式，与传统的意义上的职工就业是有区别的，按照个人所得税法的规定，居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用6万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
比如灵活就业人员2021年的各种收入总计为10万元，扣除按照灵活就业人员缴纳养老保险、医疗保险等社会保险的费用大概每年1万元左右，减除了6万元的费用，专项附加费用扣除，比如赡养的父母费用每年1.2万元，房租费用每年1.2万元，如果还有子女教育费用、继续教育费用、大病医疗等扣除的，年收入10万元的灵活就业人员基本上不缴纳个人所得税。
如果自己的年收入超过10万元以上，扣除6万元的费用以后，扣除社会保险、医疗保险等和专项附加扣除以后的余额是需要纳税的。对于在职职工，由于单位在每月发工资或是奖金时，会按照有关规定扣除个人所得税，所以单位职工个人所得税基本上不需要个人申报，只需要年底进行年度汇算就行了。
灵活就业所取得的收入，有的是税后的收入，比如外卖员，骑手等，平台在结算工资时会按照规定扣除个人所得税，演员，自由撰稿人支付报酬的单位也会按照规定扣税。比如我们在自媒体上每天获得的收入，在提现时平台都会按照规定扣税。但是很多平台是按照每笔收入来进行扣税的，并没有考虑个人应当扣除的费用，比如社会保险、医疗保险、专项附加扣除等方面的费用。
由于灵活就业人员获得收入的渠道不一样的，有的是扣税后的收入，有的没有扣税，所以个人所得税法就规定了一个个人所得税的年度清算制度。按照个人所得税法的规定，居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。
每年的三月一日到六月三十日，是全国税务部门办理上年度个人所得税汇算的时间，灵活就业人员办理年度汇算以后，有的可能要退税，有的可能会补税的。灵活就业人员在办理年度汇算时，需要高度注意的就是自己缴纳社会养老保险、医疗保险的费用，这是可以在税前的收入中扣除的，很多人可能会忽略这一点，专项附加扣除需要提供相关的资料，比如赡养老人的，要提交老人的身份证，租赁住房要提交租房合同的编号，房主的相关资料等。
在办理汇算时，需要下载个人所得税APP，安装以后注册，登录，按照提示进行专项附加扣除、收入纳税明细查询、综合所得年度汇算。在年度汇算中有申报记录，申报记录主要是灵活就业人员以前纳税的记录，一般是各个平台申报的情况，自己有补充申报的可以自己填写；缴税记录，主要是过去由平台或是相关单位代为扣缴税收的记录，最后生成年度综合所得汇算明细。
年度综合汇算明细显示是退税的，可以点击申请退税，待税务部门审核以后可以退税，提交相应的个人银行账户，退税可以打到个人的银行账户之中；显示应当补税的，可以点击立即缴税，也可以稍后缴税。只要显示需要补税的一定要按照规定补税，不然会影响个人的征信记录。
综上所述，灵活就业人员只要取得居民收入的，都要按照个人所得税法的规定，办理年度汇算，不一定灵活就业人员每个人都会有退税，有的可能还要补税。不管是退税还是补税，都是在个人所得税APP进行汇算。