一、建设目的不同
商品房的建设目的是为了赚取利益，是由房地产开发企业将土地进行开发，并且建设房屋，进行上市出售的房子，但是经济适用房却并非如此。经济适用房的建设的目的是为了给一些经济困难的家庭提供保障，是根据国家建设计划安排建设的。
二、销售价格不同
既然是经济适用房是由国家相关机构安排建设的，那么价格自然是由政府制定，而又由于房屋的建设目的是为了提供保障，所以价格一般要比市面上的房屋价格要低一些。而商品房是由开发企业建设的，价格自然是由企业决定，为了赚取利益，价格自然要比经济适用房的价格高很多。
三、土地性质不同
经济适用房的土地是由政府划拨的，通常被称为行政划拨用地，而且可以享受很多政府制定的优惠政策，这是经济适用房的优势所在，商品房基本上是不可以享受优惠的，因为它的用地都是通过出让的方式获得的。
四、购买对象不同
如果要经济适用房，那么购买方必须是常住城镇的中低收入家庭，并且名下没有任何房产，而商品房的的购买对象就没有这样的限制，基本上只要已达到年龄的完全民事行为能力人，并且有足够的钱款可以买房就可以了。
五、房屋面积不同
由于经济适用房是以保障性为主，并且主要出售给收入较低的家庭，因此在房屋面积以及结构上都有一定的规定和限制，房屋面积必须达到建设标准，满足购买方的基本需求。而商品房则是出于对利益的追求，更加重视如何才能让房屋建设做到利益最大化，在房屋面积和结构上没有具体的规定，全由企业自己决定。
六、产权限制不同
经济适用房的土地是由政府划拨的，所以购买者拥有的是不完全产权，即使买了房也就只能拿到产权证，无法拿到土地证。如果想要出让，只能在满足购买时间达到五年，并缴纳10%的土地出让金才可以进行，商品房则没有这样的限制。